Lave as abobrinhas e corte as extremidades. Com o auxílio de uma faca e uma colher, retire a polpa, deixando em forma de canoa. Reserve a polpa. Passe um pouco do azeite em cada metade e leve ao forno pré-aquecido em 180 graus por 20 minutos.
Descarte metade da polpa das abobrinhas e pique a outra metade. Coloque a quinoa em água quente e deixe por 3 minutos. Escorra e lave. Em uma panela pequena, cozinhe a quinoa com a cenoura ralada por 15 minutos, até que ela esteja macia. Escorra. aqueça uma frigideira e coloque o azeite. Refogue a cebola por 1 minuto e adicione o alho e a polpa das abobrinhas. Cozinhe por 3 minutos e junte a quinoa e a cenoura. Refogue por mais 1 minuto e tempere com o sal e a pimenta.
Recheie cada metade das abobrinhas com esta mistura e coloque um pouco de queijo por cima. Leve ao forno pré-aquecido e deixe até que o queijo derreta. Sirva imediatamente.